Αντίστοιχα με τη γαστροσκόπηση, η κολονοσκόπηση είναι η καλύτερη διαγνωστική μέθοδος των παθήσεων του κατώτερου πεπτικού (π. έντερο, τελική μοίρα του ειλεού).

Γίνεται με τη προώθηση ενός εύκαμπτου ελαστικού σωλήνα, διαμέτρου έως 1,2 εκ. έως τις εν λόγω περιοχές ενδιαφέροντος.

Η εξέταση αυτή απαιτεί μία προετοιμασία με υδρική δίαιτα και λήψη καθαρτικού τη προηγούμενη ημέρα της εξετάσεως από τον ασθενή ώστε να είναι καθαρό το έντερο και να δίνει τη δυνατότητα καλής παρατηρησιμότητας του βλεννογόνου στον ιατρό.

Ο ασθενής λαμβάνει μέθη ή και αναλγησία προ της ενάρξεως της εξετάσεως, η διάρκεια της οποίας εξαρτάται από μήκος, τη πολυελικτικότητα του εντέρου καθώς και από τη παρουσία πιθ.συμφήσεων από προηγούμενες επεμβάσεις στη κοιλιακή χώρα.

Έτσι λοιπόν ένας μέσος όρος ολοκλήρωσης της εξέτασης είναι 20-30min.

Ο ασθενής μετά την εξέταση μπορεί να είναι λίγο ζαλισμένος ή να έχει λίγο φούσκωμα στη κοιλιά λόγω του αέρα που έχει βάλει ο ιατρός για το καλύτερο έλεγχο του βλεννογόνου. Ο αέρας αυτός σιγά-σιγά αποβάλλεται ή απορροφάται από το έντερο

Tο πόρισμα δίδεται άμεσα, ενώ εντός ημερών έρχονται και τα αποτελέσματα των βιοψιών που τυχόν ελήφθησαν.